Σύμφωνα με την υπ’ αριθμ. ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α2/Φ61/12813/417-1.6.2006 έγκριση του Υπουργείου Πολιτισμού για το ερευνητικό πρόγραμμα που εξελίσσεται στο σπαρτιατικό ιερό του Αμυκλαίου Απόλλωνα, πραγματοποιήθηκαν οι εξής εργασίες:

1. Αναζητήθηκε η συνέχεια του Περιβόλου στο βόρειο και νοτιοδυτικό τμήμα του ιερού με τον καθαρισμό και τη διερεύνηση των τριών ανασκαφικών τομών που είχαν πραγματοποιηθεί στα τετράγωνα Α2, Β2, Ν8 από τους E. Fiechter (1907) και E. Buschor (1925). Κατά τις εργασίες αυτές, οι οποίες διεξήχθησαν με την εποπτεία του αρχαιολόγου Σταύρου Βλίζου, διαπιστώθηκε ότι ο προορισμός του Περιβόλου ήταν ουσιαστικά αναλημματικός. Ότι δηλαδή πρέπει να οικοδομήθηκε φθάνοντας σε ύψος τα 7 περίπου μέτρα, για να συγκρατήσει τις μεγάλες επιχώσεις του λόφου έτσι ώστε να διευκολυνθεί η ανέγερση του Θρόνου του Απόλλωνα στην κορυφή του. Σχετικά με την αναζητούμενη συνέχεια της διαδρομής του Περιβόλου προς τα νοτιοδυτικά (A2), επιβεβαιώθηκαν τα πορίσματα των παλαιοτέρων ανασκαφών, προέκυψε όμως η ανάγκη να επεκταθεί η έρευνα προς δυσμάς, για να εξακριβωθεί η σχέση του με τον εφαπτόμενο, προχειρότερης κατασκευής, τοίχο από αργούς λίθους. Στο σημείο αυτό, περίπου 5 μέτρα βορειότερα (B2), αποκαλύφθηκε το δυτικό πέρας ενός προγενέστερου πιθανότατα τοίχου, περιτειχίσματος ίσως, με παράλληλη κατεύθυνση και αντίστοιχο προσανατολισμό. Η διερεύνηση του βορινού τμήματος προς τα δυτικά (Ν8) πιστοποίησε τη συνέχεια της διαδρομής του, ο προσδιορισμός όμως της κατεύθυνσης που ακολουθεί δεν έχει ακόμα εξακριβωθεί. Κατά τη διάρκεια των ερευνών ήλθε στο φως ένα πλήθος κεραμικών θραυσμάτων που χρονολογούνται από την υπομηκυναϊκή έως και την αρχαϊκή περίοδο, μεταλλικά ελάσματα και μικρογραφικά αγγεία, τυπικά ευρήματα και άλλων ιερών.
2. Στην επί του λόφου εκκλησία της Αγίας Κυριακής διαλύθηκε ο κτιστός πάγκος του προστώου, στο οικοδομικό υλικό του οποίου βρέθηκαν 20 αρχιτεκτονικά μέλη του Θρόνου και του Βωμού που μεταφέρθηκαν για να προστατευθούν στον περιφραγμένο χώρο. Με τη διάλυση του πάγκου αναφάνηκε στο κατώτερο τμήμα από την τοιχοδομία της εκκλησίας εντοιχισμένος ένας μεγάλος αριθμός αρχιτεκτονικών μελών σε δεύτερη χρήση. Τούτο επέβαλλε την συνολική καθαίρεση των επιχρισμάτων της και τον προσεκτικό καθαρισμό όλης της εξωτερικής της επιφάνειας. Ο ναός της Αγίας Κυριακής κτίστηκε μεταξύ του 1907 και 1920 με πολλά από τα μάρμαρα που είχαν βρεθεί κατά τις ανασκαφές του Fiechter (1904-1907), όταν καθαιρέθηκε η παλαιότερη εκκλησία, η οποία κάλυπτε το σωζόμενο τμήμα της κρηπίδας του Θρόνου. Κατά τις εργασίες του επόμενου έτους θα γίνει η τεκμηρίωση, φωτογράφηση και σχεδιαστική αποτύπωση όλων των εντοιχισμένων αρχιτεκτονικών μελών, θα αποφασισθεί ποια από αυτά μπορούν να αφαιρεθούν προκειμένου να χρησιμοποιηθούν για τις προβλεπόμενες αναστηλώσεις, θα κριθεί εάν ενδεχομένως πρέπει να συνεχιστεί ο καθαρισμός της επιφάνειας των τοίχων και στο εσωτερικό της εκκλησίας, και θα μελετηθεί η ανάπλασή της έτσι ώστε να μην προσβάλλεται ο αρχαιολογικός χώρος.
3. Τα νέα αρχιτεκτονικά μέλη που εντοπίσθηκαν και συγκεντρώθηκαν κατά τις εργασίες του 2006 συμπληρώνουν, μαζί με το ήδη μελετημένο υλικό, τη σχεδιαστική αναπαράσταση της κυκλικής βαθμιδωτής κατασκευής του Βωμού, στην οποία είχε οδηγηθεί ο Μανόλης Κορρές κατά την πρώτη φάση των ερευνών του 2005 με λιγότερα στοιχεία.
4. Περιφράχθηκε εντός του ήδη απαλλοτριωμένου χώρου το σωζόμενο τμήμα της κρηπίδας του Θρόνου με την αψίδα της χριστιανικής Βασιλικής, έτσι ώστε να αποτραπούν προσωρινά νέες εγχαράξεις, χρωματισμοί με σπρέι και άλλοι βανδαλισμοί των μαρμάρων, μέχρις ότου αποφασιστεί η τελική ανάδειξη και προστασία του ιερού. Για τον σκοπό αυτό κόπηκαν τα παρακείμενα δέντρα, οι ρίζες των οποίων έχουν επιφέρει σοβαρές ζημιές στα θεμέλια του μνημείου.
5. Από τους αρχιτέκτονες Μαρία Μαγνήσαλη και Θεμιστοκλή Μπιλή συνεχίστηκε η συστηματική τεκμηρίωση, σχεδιαστική αποτύπωση και φωτογράφηση των αρχιτεκτονικών μελών του Θρόνου και του Βωμού, που βρίσκονται σήμερα συγκεντρωμένα στον επί του λόφου της Αγίας Κυριακής περιφραγμένο πλέον χώρο, μια εργασία η οποία είχε ήδη αρχίσει κατά το προηγούμενο έτος.
6. Συνεχίστηκε και ολοκληρώθηκε η λεπτομερειακή τεκμηρίωση, σχεδιαστική αποτύπωση και φωτογράφηση των αρχιτεκτονικών μελών που προέρχονται από τα μνημεία του ιερού και βρίσκονται συγκεντρωμένα στην εσωτερική αυλή του Αρχαιολογικού Μουσείου της Σπάρτης. Απομένει η αντίστοιχη εργασία για τα πολλά ακόμα μέλη, τα εκτεθειμένα στις αίθουσες του Μουσείου ή προστατευμένα στις αποθήκες του.
7. Ο Μανόλης Κορρές εντόπισε και αποτύπωσε σχεδιαστικά δύο από τις μνημειακές βάσεις των παραστάδων του Θρόνου σε σχήμα λεοντοπόδαρου, οι οποίες στηρίζουν σήμερα το καπάκι μιας ρωμαϊκής σαρκοφάγου στον κήπο του Αρχαιολογικού Μουσείου της Σπάρτης. Τα νέα αυτά ευρήματα ενισχύουν τις συναγόμενες και από άλλα αρχιτεκτονικά μέλη ενδείξεις ότι ο Θρόνος που σχεδίασε ο Βαθυκλής πρέπει να είχε την μορφή ενός μνημειακού καθίσματος.
8. Συνεχίστηκε η αναζήτηση και άλλων αρχιτεκτονικών μελών από τα μνημεία του ιερού στην ευρύτερη περιοχή της Σπάρτης καθώς και στις αποθήκες του αρχαιολογικού χώρου του Μυστρά.